Ses œuvres sont nombreuses et remarquables du point de vue du dessin. Celui-ci est très net, avec un trait marqué, énergique et sûr, parfois même violent. La connaissance du corps humain qu'a Egon Schiele est d'autant plus admirable qu'il ne fait pas disparaître le squelette sous la chair, il le dessine dans la logique de ses mouvements et postures et lui donne ainsi trois dimensions, au lieu que ce soit deux, comme c'est souvent le cas chez d'autres artistes. Ses portraits et ses nus sont en outre saisis dans des poses insolites, voire caricaturales, Egon Schiele ayant étudié les attitudes de certains déments dans un asile psychiatrique, ainsi que les positions des marionnettes manipulées, ce qui donne cet aspect « désarticulé » propre à certains de ses personnages et à son art. Le trait marqué, les poses complexes générant une multiplication de lignes obliques, la chair comme tuméfiée des corps, les fonds parfois tourmentés, la provocation de certains nus ont amené à rapprocher Schiele du courant expressionniste qui marque alors les pays germaniques. Néanmoins, le peintre ne recherche pas systématiquement la stridence de la couleur comme le font ses collègues allemands. Au contraire, les figures sont souvent sur un fond blanc, accentuant encore le dépouillement de leur nudité. C'est ce même dépouillement qui le différencie de Klimt ; ce dernier ayant une "horreur du vide" caractéristique de l'Art nouveau et du Jugendstil des années 1900. L'œuvre de Schiele occupe également une place essentielle dans l'histoire des relations entre art et érotisme.

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